Сюжет игры повествует о событиях происходящих через 400 лет после Blood Omen: Legacy of Kain. События «Blood Omen 2» разворачиваются практически сразу после окончания истории, рассказанной в первом «Blood Omen». Каин отказывается жертвовать собой и Колонны Нозгота рушатся. Нисколько не обеспокоенный этим обстоятельством, Каин, неведомым образом, возвращает к жизни первого вампира людской расы — Ворадора и с его помощью начинает восстановление популяции расы вампиров, а затем и захватническую войну, дабы потешить свои непомерные амбиции. Армия вампиров встречает серьезное сопротивление только у города Меридиан, где происходит битва между армией Ордена серафанцев и полчищами вампиров. Во время схватки с Владыкой Ордена Каин обнаруживает, что его верный меч «Похититель Душ» почему—то неэффективен. Разумеется, что ни к чему хорошему такое открытие не приводит, и Каин оказывается сражен Владыкой серафанцев, а армия вампиров истреблена практически начисто. Но Каина так просто не убьешь — выхоженный Кабалом вампиров, эдаким подпольным движением «за права вампиров», он пробуждается после долгой лежки в коме и вновь отправляется по ставшей ему привычной тропе мести. Ну, и за своим имуществом, конечно.